در بیانیه‌ای که روابط عمومی شهرداری قم روز یکشنبه نسخه‌ای از آن را در اختیار ایرنا قرار داد، آمده‌است: به دنبال حواشی اخیر و با عنایت به عدم وجود زمینه‌های تداوم فعالیت دکتر سید مرتضی سقائیان‌نژاد در مجموعه شهرداری قم، استعفای ایشان به صورت مستقیم به وزارت کشور ارسال شد.
بیانیه حاکیست: تصمیم‌گیری در خصوص قبول استعفا و یا تداوم مسئولیت دکتر سقائیان‌نژاد در شهرداری قم، به‌صورت مستقیم توسط وزیر محترم کشور جناب آقای دکتر اسکندر مومنی به‌عنوان مقام صادرکننده احکام مسئولیت شهرداران کلان‌شهرهای کشور اتخاذ خواهد شد.
گفتنی است سقائیان نژاد در روز 13 خرداد 1394 توسط اعضای شورای اسلامی شهر قم با 19 رای موافق، به عنوان شهردار قم انتخاب شد.
